Diferencas tecnicas
A API WhatsApp usa HTTP REST com JSON, suporta multimidia e requer tokens de autenticacao OAuth. A API SMS usa HTTP basico com parametros de formulario.
O WhatsApp API exige webhooks para mensagens de entrada; o SMS usa webhooks ou polling dependendo do provedor.
Consideracoes de implementacao
O WhatsApp API exige verificacao de negocio e aprovacao de numero, processo mais demorado que o SMS.
Para requisitos de confiabilidade critica ou maxima alcance, o SMS e mais adequado. Para riqueza de conteudo, o WhatsApp.